Первые научные открытия в Красной пещере были сделаны в 1914г. симферопольским краеведом, знатоком крымских древностей С.И.Забниным. Он произвёл раскопки на небольшой площадке перед входом в Нижнюю пещеру. В верхнем слое грунта были обнаружены остатки очагов и различных бытовых предметов 3-5 веков н.э.-керамические пряслица,обломки глиняных сосудов. Здесь же был найден хорошо отполированный молоток из диорита с круглым отверстием для рукоятки.
В 1921г. археологи Н.Л. Эрнст и Г.А. Бонч-Осмоловский вторично обследовали пещеру и урочище. Было обнаружено большое количество керамического материала 7-6 веков до н.э., бронзовые наконечники стрел, кольца браслеты, бусы. Один из найденных сосудов был богато украшен узорами солнечного диска с расходящимися лучами,зигзагообразными линиями (молния) и точками (капли дождя).В те же годы на туфовой поляне перед пещерами было раскопано жилище человека,населявшего ущелье около 2500 лет назад. Это была небольшая вырубленная в туфе полуземлянка с низкой лежанкой и нишами по бокам, позже нашли следы ещё двух землянок.В результате раскопок стало ясно,что на поляне находилось небольшое поселение не известной до этого культуры, которая по названию пещеры и ущелья получила название Кизил-Кобинской. А пещера служила, как родовое святилище. Где происходили жертвоприношения домашних и диких животных. Кости жертвенных животных, керамика,кремневые орудия . Были найдены не только в первом зале пещеры,но и на третьем,четвёртом и пятом этажах. В 3-4 веках н.э. в пещере хранили вино,а на поляне находилась скифская усадьба.В 1824 году Красную пещеру посетил А.С.Грибоедов.